Margaret werd geboren in 1046 en was lid van een oude Engelse koninklijke familie. Ze stamde rechtstreeks af van koning Alfred en was de kleindochter van koning Edmund Ironside van Engeland via zijn zoon Edward.

Margaret was samen met haar familie verbannen naar het oostelijke continent toen koning Canute en zijn Deense leger Engeland onder de voet liepen. Ze was mooi en vroom, maar ook intelligent en kreeg haar formele opleiding in Hongarije.

Margaret en haar familie keerden tegen het einde van de regeerperiode van haar oudoom, Edward de Belijder, terug naar Engeland omdat haar jongere broer, Edgar de Aetheling, een sterke aanspraak maakte op de Engelse troon. De Engelse adel had echter andere ideeën en koos Harold Godwin als Edward's opvolger.

Al dit politieke gemanoeuvreer bleek irrelevant toen Willem, hertog van Normandië, ook wel bekend als 'De Veroveraar', in 1066 met zijn leger bij Hastings aankwam, maar dat is een ander verhaal.

Als een van de laatst overgebleven Saksische koningen in Engeland was de positie van Margaret en haar familie precair en uit angst voor hun leven vluchtten ze noordwaarts, in de tegenovergestelde richting van de oprukkende Noormannen. Ze waren op weg van Northumbria terug naar het vasteland toen hun schip uit koers werd geblazen en in Fife aan land kwam.

De Schotse koning Malcolm III, bekend als Malcolm Canmore (of Great Head) bood zijn bescherming aan de koninklijke familie aan.

Malcolm was bijzonder beschermend tegenover Margaret! Zij weigerde aanvankelijk zijn huwelijksaanzoeken en gaf volgens één verslag de voorkeur aan een vroom leven als maagd. Malcolm was echter een volhardende koning en het paar trouwde uiteindelijk in Dunfermline in 1069.

Hun verbintenis was uitzonderlijk gelukkig en vruchtbaar voor zowel henzelf als de Schotse natie. Margaret bracht enkele van de fijnere punten van de huidige Europese zeden, ceremonie en cultuur mee naar het Schotse hof, wat haar beschaafde reputatie sterk verbeterde.

Koningin Margaret stond bekend om haar goede invloed op haar echtgenoot en ook om haar vrome vroomheid en religieuze naleving. Ze was een van de belangrijkste drijvende krachten achter de hervorming van de kerk in Schotland.

Onder leiding van koningin Margaret bevorderden kerkraden de paascommunie en, tot grote vreugde van de arbeidersklasse, de onthouding van dienstwerk op zondag. Margaret stichtte kerken, kloosters en pelgrimsoorden en richtte met monniken uit Canterbury het koninklijk mausoleum in Dunfermline Abbey op. Ze was vooral dol op Schotse heiligen en gaf de aanzet tot de Queen's Ferry over de Forth, zodat het koninklijk mausoleum in Dunfermline Abbey kon worden gebouwd.zodat pelgrims gemakkelijker het heiligdom van Sint-Andreas konden bereiken.

De mis werd veranderd van de vele dialecten van het Gaelic die in Schotland werden gesproken naar het verenigende Latijn. Door Latijn te gebruiken om de mis te vieren, geloofde ze dat alle Schotten samen in eenheid konden aanbidden, samen met de andere christenen van West-Europa. Veel mensen geloven dat het niet alleen het doel van koningin Margaret was om de Schotten te verenigen, maar ook de twee naties Schotland en Engeland.in een poging om een einde te maken aan de bloedige oorlog tussen de twee landen.

Door de agenda voor de kerk in Schotland te bepalen zorgde koningin Margaret er ook voor dat de Roomse kerk de overhand kreeg over de inheemse Keltische kerk in het noorden van het land.

Margaret en Malcolm kregen acht kinderen, allemaal met Engelse namen. Alexander en David volgden hun vader op naar de troon, terwijl hun dochter Edith (die bij haar huwelijk haar naam veranderde in Matilda) de oude Angelsaksische en Schotse koninklijke bloedlijn in de aderen van de Normandische invallers van Engeland bracht toen ze trouwde met koning Hendrik I en kinderen van hem kreeg.

Margaretha was erg vroom en zorgde vooral voor de armen en wezen. Het was deze vroomheid die aanzienlijke schade toebracht aan haar gezondheid door het herhaalde vasten en onthouding. In 1093, toen ze na een lange ziekte op haar sterfbed lag, kreeg ze te horen dat haar man en oudste zoon in een hinderlaag waren gelokt en op verraderlijke wijze waren gedood bij de Slag bij Alnwick in Northumbia. Ze stierf kort daarna op de leeftijd van netzevenenveertig.

Ze werd samen met Malcolm begraven in Dunfermline Abbey en de gerapporteerde wonderen in en rond haar tombe ondersteunden haar heiligverklaring in 1250 door paus Innocentius IV.

Tijdens de Reformatie kwam het hoofd van St. Margaret op de een of andere manier in het bezit van Mary Queen of Scots en werd het later veiliggesteld door de Jezuïeten in Douai, waar het tijdens de Franse Revolutie zou zijn omgekomen.

Het feest van de heilige Margaretha werd vroeger door de rooms-katholieke kerk gevierd op 10 juni, maar wordt nu elk jaar gevierd op haar sterfdag, 16 november.