Margarita nació en 1046 y era miembro de una antigua familia real inglesa. Era descendiente directa del rey Alfredo y nieta del rey Edmundo Ironside de Inglaterra a través de su hijo Eduardo.

Junto con su familia, Margarita se había exiliado al continente oriental cuando el rey Canuto y su ejército danés invadieron Inglaterra. Hermosa y devota, también era inteligente y recibió su educación formal en Hungría.

Margarita y su familia regresaron a Inglaterra hacia el final del reinado de su tío abuelo, Eduardo el Confesor, ya que su hermano menor, Edgar el Aetheling, tenía grandes pretensiones al trono inglés. Sin embargo, la nobleza inglesa tenía otras ideas y eligió a Harold Godwin como sucesor de Eduardo.

Todas estas maniobras políticas resultaron irrelevantes cuando Guillermo, duque de Normandía, también conocido como "El Conquistador", llegó con su ejército cerca de Hastings en 1066, pero esa es otra historia.

La situación de Margarita y su familia era precaria y, temiendo por sus vidas, huyeron hacia el norte, en dirección opuesta al avance de los normandos. Se dirigían de regreso al continente desde Northumbria cuando su barco se desvió de su rumbo y desembarcó en Fife.

El rey escocés Malcolm III, conocido como Malcolm Canmore (o Gran Cabeza), ofreció su protección a la familia real.

Malcolm fue especialmente protector con Margarita, que al principio rechazó sus propuestas de matrimonio, prefiriendo, según un relato, una vida de piedad como virgen. Malcolm, sin embargo, fue un rey persistente, y la pareja finalmente se casó en Dunfermline en 1069.

Su unión fue excepcionalmente feliz y fructífera tanto para ellos como para la nación escocesa. Margarita aportó a la corte escocesa algunas de las mejores maneras, ceremonias y cultura de la Europa actual, lo que mejoró enormemente su reputación civilizada.

La reina Margarita era famosa por su buena influencia sobre su marido y también por su devota piedad y observancia religiosa. Fue una de las principales impulsoras de la reforma de la Iglesia en Escocia.

Bajo el liderazgo de la reina Margarita, los concilios eclesiásticos promovieron la comunión pascual y, para alegría de la clase trabajadora, la abstinencia del trabajo servil en domingo. Margarita fundó iglesias, monasterios y albergues de peregrinos y estableció el Mausoleo Real en la abadía de Dunfermline con monjes de Canterbury. Sentía especial afecto por los santos escoceses e instigó el transbordador de la reina sobre el Forth para quepara que los peregrinos pudieran llegar más fácilmente al Santuario de San Andrés.

Al adoptar el latín para la celebración de la misa, la reina Margaret creía que todos los escoceses podrían celebrar su culto en unidad, junto con los demás cristianos de Europa occidental. Mucha gente cree que, al hacer esto, el objetivo de la reina Margaret no era sólo unir a los escoceses, sino también a las dos naciones de Escocia e Inglaterra.en un intento de poner fin a la sangrienta guerra entre ambos países.

Al establecer la agenda de la Iglesia en Escocia, la reina Margarita también aseguró el dominio de la Iglesia romana sobre la Iglesia celta nativa del norte del país.

Margarita y Malcolm tuvieron ocho hijos, todos con nombres ingleses. Alejandro y David siguieron a su padre al trono, mientras que su hija, Edith (que cambió su nombre por el de Matilda al casarse), llevó la antigua estirpe real anglosajona y escocesa a las venas de los invasores normandos de Inglaterra al casarse y dar hijos al rey Enrique I.

Margarita era muy piadosa y se preocupaba especialmente por los pobres y los huérfanos. Fue esta piedad la que causó un daño considerable a su salud con los repetidos ayunos y abstinencias. En 1093, mientras yacía en su lecho de muerte tras una larga enfermedad, le comunicaron que su marido y su hijo mayor habían sido emboscados y asesinados a traición en la batalla de Alnwick, en Northumbia. Murió poco después con sólocuarenta y siete.

Fue enterrada junto a Malcolm en la abadía de Dunfermline, y los milagros que tuvieron lugar en su tumba y sus alrededores propiciaron su canonización en 1250 por el papa Inocencio IV.

Durante la Reforma, la cabeza de Santa Margarita pasó de algún modo a manos de María, reina de Escocia, y más tarde fue asegurada por los jesuitas en Douai, donde se cree que pereció durante la Revolución Francesa.

Antiguamente, la Iglesia Católica Romana celebraba la fiesta de Santa Margarita el 10 de junio, pero ahora se celebra cada año en el aniversario de su muerte, el 16 de noviembre.