Margaret blev født i 1046 og var medlem af en gammel engelsk kongefamilie. Hun var en direkte efterkommer af kong Alfred og var barnebarn af kong Edmund Ironside af England gennem hans søn Edward.

Sammen med sin familie var Margaret blevet forvist til det østlige kontinent, da kong Knud og hans danske hær havde løbet England over ende. Smuk og from var hun også intelligent og fik sin formelle uddannelse i Ungarn.

Margaret og hendes familie vendte tilbage til England mod slutningen af hendes grandonkel, Edward Bekenderens regeringstid, da hendes yngre bror, Edgar Ætheling, havde et meget stærkt krav på den engelske trone. Den engelske adel havde dog andre ideer og valgte Harold Godwin som Edwards efterfølger.

Alle disse politiske manøvrer viste sig at være irrelevante, da William, hertug af Normandiet, også kendt som "Erobreren", ankom med sin hær nær Hastings i 1066, men det er en anden historie.

Som nogle af de sidste tilbageværende saksiske kongelige i England var Margaret og hendes families position usikker, og af frygt for deres liv flygtede de nordpå, i den modsatte retning af de fremrykkende normannere. De var på vej tilbage til kontinentet fra Northumbria, da deres skib blev blæst ud af kurs og landede i Fife.

Den skotske konge, Malcolm III, kendt som Malcolm Canmore (eller Great Head), tilbød sin beskyttelse til den kongelige familie.

Malcolm var særligt beskyttende over for Margaret! Hun afviste i første omgang hans frierier og foretrak ifølge en beretning et fromt liv som jomfru. Malcolm var dog en vedholdende konge, og parret blev endelig gift i Dunfermline i 1069.

Deres ægteskab var usædvanligt lykkeligt og frugtbart for både dem selv og den skotske nation. Margaret bragte nogle af de finere punkter i de nuværende europæiske manerer, ceremonier og kultur med sig til det skotske hof, hvilket i høj grad forbedrede dets civiliserede omdømme.

Dronning Margaret var kendt for sin gode indflydelse på sin mand og også for sin fromme fromhed og religiøse observans. Hun var en af hovedkræfterne bag reformen af kirken i Skotland.

Under dronning Margarets ledelse fremmede kirkerådene påskekommunionen og, til stor glæde for arbejderklassen, afholdenhed fra at arbejde på en søndag. Margaret grundlagde kirker, klostre og pilgrimsherberger og etablerede det kongelige mausoleum i Dunfermline Abbey med munke fra Canterbury. Hun var især glad for skotske helgener og tog initiativ til dronningens færge over Forth, såat pilgrimme lettere kunne nå Sankt Andreas-helligdommen.

Messen blev ændret fra de mange dialekter af gælisk, der blev talt i hele Skotland, til det forenende latin. Ved at indføre latin til at fejre messen mente hun, at alle skotter kunne tilbede sammen i enhed sammen med de andre kristne i Vesteuropa. Mange mennesker mener, at det ikke kun var dronning Margarets mål at forene skotterne, men også de to nationer Skotland og England.i et forsøg på at afslutte den blodige krigsførelse mellem de to lande.

Ved at sætte dagsordenen for kirken i Skotland sikrede dronning Margaret også romerkirkens dominans over den oprindelige keltiske kirke i den nordlige del af landet.

Margaret og Malcolm fik otte børn, alle med engelske navne. Alexander og David fulgte deres far til tronen, mens deres datter, Edith (som skiftede navn til Matilda ved sit giftermål), bragte den gamle angelsaksiske og skotske kongelige blodlinje ind i årene på de normanniske angribere af England, da hun giftede sig med og fødte børn til kong Henrik I.

Margaret var meget from og tog sig især af de fattige og forældreløse børn. Det var denne fromhed, der forårsagede betydelig skade på hendes helbred med den gentagne faste og afholdenhed. I 1093, da hun lå på sit dødsleje efter en lang sygdom, fik hun at vide, at hendes mand og ældste søn var blevet overfaldet og forræderisk dræbt i slaget ved Alnwick i Northumbia. Hun døde kort tid efter i en alder af kunsyvogfyrre.

Hun blev begravet sammen med Malcolm i Dunfermline Abbey, og de rapporterede mirakler, der fandt sted i og omkring hendes grav, støttede hendes helgenkåring i 1250 af pave Innocent IV.

Margarets hoved på en eller anden måde i Mary Queen of Scots' besiddelse og blev senere sikret af jesuitterne i Douai, hvor det menes at være gået til grunde under den franske revolution.

Margaretas fest blev tidligere fejret af den romersk-katolske kirke den 10. juni, men fejres nu hvert år på årsdagen for hendes død, den 16. november.