Маргарет е родена през 1046 г. и е член на древно английско кралско семейство. Тя е пряк потомък на крал Алфред и внучка на английския крал Едмънд Айрънсайд чрез неговия син Едуард.

Заедно със семейството си Маргарита е заточена на източния континент, когато крал Кануте и датската му армия превземат Англия. Красива и набожна, тя е и интелигентна и получава официалното си образование в Унгария.

Маргарет и семейството ѝ се завръщат в Англия към края на управлението на нейния прадядо Едуард Изповедник, тъй като по-малкият ѝ брат Едгар Етелинг има сериозни претенции за английския престол. Английската аристокрация обаче има други идеи и избира Харолд Годуин за наследник на Едуард.

Всички тези политически маневри се оказват без значение, когато Уилям, херцогът на Нормандия, известен още като "Завоевателя", пристига с армията си край Хейстингс през 1066 г., но това е друга история.

Като едни от последните останали саксонски кралски особи в Англия, положението на Маргарет и семейството ѝ е несигурно и от страх за живота си те бягат на север, в посока, обратна на настъпващите нормани. Те се връщат на континента от Нортумбрия, когато корабът им се отклонява от курса и каца във Файф.

Шотландският крал Малкълм III, известен като Малкълм Канмор (или Голямата глава), предлага своята защита на кралското семейство.

Първоначално тя отказва предложенията му за брак, като според един разказ предпочита да води благочестив живот като девица. Малкълм обаче е упорит крал и двойката най-накрая се омъжва в Дънфермлин през 1069 г.

Съюзът им бил изключително щастлив и плодотворен както за тях, така и за шотландската нация. Маргарет донесла в шотландския двор някои от най-съвременните европейски маниери, церемонии и култура, което значително подобрило неговата цивилизована репутация.

Кралица Маргарет е известна с доброто си влияние върху съпруга си, както и с благочестието и спазването на религиозните норми. Тя е основен двигател на реформата на църквата в Шотландия.

Под ръководството на кралица Маргарет църковните събори насърчават великденското причастие и, за радост на работническата класа, въздържането от робска работа в неделя. маргарет основава църкви, манастири и поклоннически общежития и създава кралския мавзолей в абатство Дънфърмлин с монаси от Кентърбъри. тя е особено привързана към шотландските светци и инициира ферибота на кралицата през Форт, така чеза да могат поклонниците по-лесно да достигнат до светилището на Свети Андрей.

С приемането на латинския език за отслужване на литургията тя вярва, че всички шотландци ще могат да се покланят заедно и в единство, заедно с останалите християни от Западна Европа. Много хора вярват, че по този начин кралица Маргарет е целяла не само да обедини шотландците, но и двете нации - Шотландия и Англия.в опит да се сложи край на кървавата война между двете страни.

Определяйки дневния ред на църквата в Шотландия, кралица Маргарита също така осигурява господството на Римската църква над местната келтска църква в северната част на страната.

Маргарет и Малкълм имат осем деца, всички с английски имена. Александър и Дейвид следват баща си на трона, а дъщеря им Едит (която след брака си променя името си на Матилда) внася древната англосаксонска и шотландска кралска кръв във вените на нормандските нашественици в Англия, когато се омъжва и ражда деца на крал Хенри I.

Маргарита била много набожна и се грижела особено за бедните и сираците. Именно тази набожност причинила значителни вреди на здравето ѝ заради многократните пости и въздържание. През 1093 г., когато лежала на смъртния си одър след дълго боледуване, ѝ съобщили, че съпругът ѝ и най-големият ѝ син са попаднали в засада и са били вероломно убити в битката при Алнуик в Нортумбия. Тя починала скоро след това само начетиридесет и седем.

Погребана е заедно с Малкълм в абатството Дънфърмлин, а съобщенията за чудеса, станали в и около гроба ѝ, подкрепят канонизирането ѝ през 1250 г. от папа Инокентий IV.

По време на Реформацията главата на Света Маргарита по някакъв начин преминава във владение на Мери Кралица Шотландска, а по-късно е запазена от йезуитите в Дуай, където се смята, че е загинала по време на Френската революция.

Празникът на Света Маргарита преди се е отбелязвал от Римокатолическата църква на 10 юни, но сега се чества всяка година на 16 ноември, когато е годишнината от смъртта ѝ.