Małgorzata urodziła się w 1046 r. i była członkiem starożytnej angielskiej rodziny królewskiej. Była bezpośrednim potomkiem króla Alfreda i wnuczką króla Anglii Edmunda Ironside'a przez jego syna Edwarda.

Wraz z rodziną Małgorzata została wygnana na wschodni kontynent, gdy król Kanut i jego duńska armia opanowali Anglię. Piękna i pobożna, była również inteligentna, otrzymując formalne wykształcenie na Węgrzech.

Małgorzata i jej rodzina powrócili do Anglii pod koniec panowania jej wielkiego wuja, Edwarda Wyznawcy, ponieważ jej młodszy brat, Edgar Aetheling, miał bardzo silne roszczenia do angielskiego tronu. Angielska szlachta miała jednak inne pomysły i wybrała Harolda Godwina na następcę Edwarda.

Wszystkie te polityczne manewry okazały się nieistotne, gdy Wilhelm, książę Normandii, znany również jako "Zdobywca", przybył ze swoją armią pod Hastings w 1066 roku, ale to już inna historia.

Jako jedni z ostatnich saskich królów w Anglii, pozycja Małgorzaty i jej rodziny była niepewna i w obawie o swoje życie uciekli na północ, w kierunku przeciwnym do nacierających Normanów. Zmierzali z Northumbrii z powrotem na kontynent, kiedy ich statek został zepchnięty z kursu i wylądował w Fife.

Szkocki król Malcolm III, znany jako Malcolm Canmore (lub Wielka Głowa), zaoferował swoją ochronę rodzinie królewskiej.

Malcolm był szczególnie opiekuńczy w stosunku do Małgorzaty, która początkowo odrzuciła jego propozycje małżeństwa, preferując, według jednej z relacji, pobożne życie jako dziewica. Malcolm był jednak wytrwałym królem, a para ostatecznie pobrała się w Dunfermline w 1069 roku.

Ich związek był wyjątkowo szczęśliwy i owocny zarówno dla nich samych, jak i dla narodu szkockiego. Małgorzata wniosła do szkockiego dworu niektóre z najdrobniejszych elementów obecnych europejskich manier, ceremonii i kultury, co znacznie poprawiło jego cywilizowaną reputację.

Królowa Małgorzata była znana ze swojego dobrego wpływu na męża, a także z pobożności i przestrzegania zasad religijnych. Była głównym inicjatorem reformy Kościoła w Szkocji.

Pod przywództwem królowej Małgorzaty rady kościelne promowały komunię wielkanocną i, ku uciesze klasy robotniczej, powstrzymywanie się od pracy służebnej w niedzielę. Małgorzata ufundowała kościoły, klasztory i schroniska dla pielgrzymów oraz założyła Królewskie Mauzoleum w opactwie Dunfermline z mnichami z Canterbury. Szczególnie lubiła szkockich świętych i zainicjowała prom królowej przez Forth, tak więcaby pielgrzymi mogli łatwiej dotrzeć do Sanktuarium Świętego Andrzeja.

Msza została zmieniona z wielu dialektów gaelickich używanych w całej Szkocji na jednoczącą łacinę. Przyjmując łacinę do odprawiania mszy, wierzyła, że wszyscy Szkoci mogą wspólnie modlić się w jedności, wraz z innymi chrześcijanami Europy Zachodniej. Wiele osób uważa, że czyniąc to, celem królowej Małgorzaty było nie tylko zjednoczenie Szkotów, ale także dwóch narodów Szkocji i Angliiw próbie zakończenia krwawej wojny między dwoma krajami.

Ustalając program dla kościoła w Szkocji, królowa Małgorzata zapewniła również dominację Kościoła rzymskiego nad rodzimym Kościołem celtyckim na północy kraju.

Małgorzata i Malcolm mieli ośmioro dzieci, wszystkie z angielskimi imionami. Alexander i David podążyli za swoim ojcem na tron, podczas gdy ich córka, Edith (która zmieniła imię na Matilda po ślubie), wniosła starożytną anglosaską i szkocką królewską linię krwi do żył normańskich najeźdźców Anglii, kiedy wyszła za mąż i urodziła dzieci królowi Henrykowi I.

Małgorzata była bardzo pobożna i szczególnie troszczyła się o biednych i sieroty. To właśnie ta pobożność spowodowała znaczny uszczerbek na jej zdrowiu z powodu powtarzających się postów i abstynencji. W 1093 r., kiedy leżała na łożu śmierci po długiej chorobie, powiedziano jej, że jej mąż i najstarszy syn zostali zasadzeni i zdradziecko zabici w bitwie pod Alnwick w Northumbia. Zmarła wkrótce potem w wieku zaledwie kilku lat.czterdzieści siedem.

Została pochowana obok Malcolma w opactwie Dunfermline, a doniesienia o cudach, które miały miejsce w jej grobie i wokół niego, wsparły jej kanonizację w 1250 r. przez papieża Innocentego IV.

Podczas reformacji głowa św. Małgorzaty w jakiś sposób przeszła w posiadanie Marii Królowej Szkotów, a następnie została zabezpieczona przez jezuitów w Douai, gdzie prawdopodobnie zginęła podczas rewolucji francuskiej.

Święto św. Małgorzaty było dawniej obchodzone przez Kościół rzymskokatolicki 10 czerwca, ale obecnie jest obchodzone co roku w rocznicę jej śmierci, 16 listopada.