Nata nel 1046, Margaret era membro di un'antica famiglia reale inglese, discendente diretta di re Alfredo e nipote di re Edmund Ironside d'Inghilterra attraverso il figlio Edoardo.

Insieme alla sua famiglia, Margherita era stata esiliata nel continente orientale quando il re Canuto e il suo esercito danese avevano invaso l'Inghilterra. Bella e devota, era anche intelligente e ricevette la sua educazione formale in Ungheria.

Margherita e la sua famiglia tornarono in Inghilterra verso la fine del regno del prozio, Edoardo il Confessore, poiché suo fratello minore, Edgar l'Aetheling, aveva una forte pretesa al trono inglese. La nobiltà inglese, tuttavia, aveva altre idee ed elesse Harold Godwin come successore di Edoardo.

Tutte queste manovre politiche si rivelarono irrilevanti quando Guglielmo, duca di Normandia, altrimenti noto come "il Conquistatore", arrivò con il suo esercito nei pressi di Hastings nel 1066, ma questa è un'altra storia.

Essendo alcuni degli ultimi reali sassoni rimasti in Inghilterra, la posizione di Margaret e della sua famiglia era precaria e temendo per le loro vite fuggirono verso nord, in direzione opposta all'avanzata dei Normanni. Stavano tornando sul continente dalla Northumbria quando la loro nave fu spazzata via dalla rotta e approdò a Fife.

Il re scozzese Malcolm III, noto come Malcolm Canmore (o Grande Testa), offrì la sua protezione alla famiglia reale.

Malcolm era particolarmente protettivo nei confronti di Margherita, che inizialmente rifiutò le sue proposte di matrimonio, preferendo, secondo un resoconto, una vita di pietà da vergine. Malcolm, tuttavia, era un re insistente e la coppia si sposò finalmente a Dunfermline nel 1069.

La loro unione fu eccezionalmente felice e fruttuosa sia per loro che per la nazione scozzese. Margherita portò alla corte scozzese alcuni dei punti più raffinati delle maniere, del cerimoniale e della cultura europea corrente, che ne migliorarono notevolmente la reputazione civile.

La regina Margherita era famosa per la sua buona influenza sul marito e anche per la sua devota pietà e osservanza religiosa. Fu una delle principali promotrici della riforma della Chiesa in Scozia.

Sotto la guida della regina Margherita i consigli ecclesiastici promossero la comunione pasquale e, con grande gioia della classe operaia, l'astensione dal lavoro servile la domenica. Margherita fondò chiese, monasteri e ostelli di pellegrinaggio e istituì il Mausoleo Reale presso l'Abbazia di Dunfermline con i monaci di Canterbury. Era particolarmente affezionata ai santi scozzesi e promosse il Queen's Ferry sul Forth in modo cheper consentire ai pellegrini di raggiungere più facilmente il Santuario di Sant'Andrea.

La messa fu cambiata dai numerosi dialetti gaelici parlati in tutta la Scozia all'unificante latino. Adottando il latino per la celebrazione della messa, la regina credeva che tutti gli scozzesi avrebbero potuto celebrare il culto in unità, insieme agli altri cristiani dell'Europa occidentale. Molti ritengono che in questo modo la regina Margherita non volesse solo unire gli scozzesi, ma anche le due nazioni di Scozia e Inghilterra.nel tentativo di porre fine alla sanguinosa guerra tra i due Paesi.

Stabilendo l'agenda per la Chiesa in Scozia, la regina Margherita assicurò anche il dominio della Chiesa romana sulla Chiesa celtica autoctona nel nord del Paese.

Margaret e Malcolm ebbero otto figli, tutti con nomi inglesi: Alexander e David seguirono il padre al trono, mentre la figlia Edith (che cambiò il suo nome in Matilda al momento del matrimonio) portò l'antica stirpe reale anglosassone e scozzese nelle vene degli invasori normanni dell'Inghilterra quando sposò e diede figli al re Enrico I.

Margherita era molto pia e si occupava soprattutto dei poveri e degli orfani. Questa pietà le causò notevoli danni alla salute a causa dei ripetuti digiuni e astinenze. Nel 1093, mentre giaceva sul letto di morte dopo una lunga malattia, le fu comunicato che il marito e il figlio maggiore erano stati uccisi in un'imboscata e a tradimento nella battaglia di Alnwick, in Northumbia. Morì poco dopo, a soli due anniquarantasette.

Fu sepolta accanto a Malcolm nell'abbazia di Dunfermline e i miracoli che si verificarono all'interno e intorno alla sua tomba ne favorirono la canonizzazione nel 1250 da parte di Papa Innocenzo IV.

Durante la Riforma la testa di Santa Margherita passò in qualche modo in possesso di Maria Regina di Scozia, per poi essere messa al sicuro dai gesuiti a Douai, dove si ritiene sia perita durante la Rivoluzione francese.

La festa di Santa Margherita era in passato osservata dalla Chiesa cattolica romana il 10 giugno, ma ora viene celebrata ogni anno nell'anniversario della sua morte, il 16 novembre.