Η Μαργαρίτα γεννήθηκε το 1046 και ήταν μέλος μιας αρχαίας αγγλικής βασιλικής οικογένειας. Ήταν άμεση απόγονος του βασιλιά Αλφρέδου και εγγονή του βασιλιά της Αγγλίας Έντμουντ Άιρονσαϊντ μέσω του γιου του Εδουάρδου.

Μαζί με την οικογένειά της, η Μαργαρίτα είχε εξοριστεί στην ανατολική ήπειρο όταν ο βασιλιάς Κανούτ και ο δανικός στρατός του είχαν κατακλύσει την Αγγλία. Όμορφη και ευσεβής, ήταν επίσης έξυπνη και έλαβε την επίσημη εκπαίδευσή της στην Ουγγαρία.

Η Μαργαρίτα και η οικογένειά της επέστρεψαν στην Αγγλία προς το τέλος της βασιλείας του θείου της, Εδουάρδου του Ομολογητή, καθώς ο μικρότερος αδελφός της, Έντγκαρ ο Αιθίγγανος, είχε πολύ ισχυρές αξιώσεις για τον αγγλικό θρόνο. Η αγγλική αριστοκρατία είχε όμως άλλες ιδέες και εξέλεξε τον Χάρολντ Γκόντγουιν ως διάδοχο του Εδουάρδου.

Όλοι αυτοί οι πολιτικοί ελιγμοί αποδείχθηκαν άσχετοι όταν ο Γουλιέλμος, Δούκας της Νορμανδίας, γνωστός και ως "ο Κατακτητής", έφτασε με τον στρατό του κοντά στο Χέιστινγκς το 1066, αλλά αυτό είναι μια άλλη ιστορία.

Ως κάποιοι από τους τελευταίους εναπομείναντες Σάξονες βασιλείς στην Αγγλία, η θέση της Μαργαρίτας και της οικογένειάς της ήταν επισφαλής και φοβούμενοι για τη ζωή τους κατέφυγαν προς τα βόρεια, προς την αντίθετη κατεύθυνση από τους προελαύνοντες Νορμανδούς. Κατευθύνονταν προς την ήπειρο από τη Νορθουμβρία όταν το πλοίο τους εξετράπη της πορείας του και προσγειώθηκε στο Φάιφ.

Ο Σκωτσέζος βασιλιάς Μάλκολμ Γ', γνωστός ως Μάλκολμ Κάνμορ (ή Μεγάλος Κεφαλή), προσέφερε την προστασία του στη βασιλική οικογένεια.

Ο Μάλκολμ ήταν ιδιαίτερα προστατευτικός απέναντι στη Μαργαρίτα! Εκείνη αρχικά αρνήθηκε τις προτάσεις του για γάμο, προτιμώντας, σύμφωνα με μια μαρτυρία, μια ζωή ευσέβειας ως παρθένα. Ο Μάλκολμ όμως ήταν επίμονος βασιλιάς και το ζευγάρι τελικά παντρεύτηκε στο Ντάνφερμλαϊν το 1069.

Η ένωσή τους ήταν εξαιρετικά ευτυχής και καρποφόρα τόσο για τους ίδιους όσο και για το σκωτσέζικο έθνος. Η Μαργαρίτα έφερε μαζί της μερικά από τα λεπτότερα σημεία των σημερινών ευρωπαϊκών τρόπων, τελετών και πολιτισμού στη σκωτσέζικη αυλή, γεγονός που βελτίωσε σημαντικά την πολιτισμένη φήμη της.

Η βασίλισσα Μαργαρίτα ήταν γνωστή για την καλή επιρροή της στον σύζυγό της, καθώς και για την ευλαβική ευσέβεια και τη θρησκευτική της τήρηση. Ήταν ο κύριος μοχλός της μεταρρύθμισης της Εκκλησίας στη Σκωτία.

Υπό την ηγεσία της βασίλισσας Μαργαρίτας τα εκκλησιαστικά συμβούλια προώθησαν την Πασχαλινή Κοινωνία και, προς μεγάλη χαρά της εργατικής τάξης, την αποχή από τη δουλική εργασία την Κυριακή. Η Μαργαρίτα ίδρυσε εκκλησίες, μοναστήρια και ξενώνες προσκυνήματος και δημιούργησε το Βασιλικό Μαυσωλείο στο Αββαείο του Ντανφέρμλιν με μοναχούς από το Καντέρμπουρι. Της άρεσαν ιδιαίτερα οι Σκωτσέζοι άγιοι και υποκίνησε το Φέρι της βασίλισσας πάνω από το Φόρθ, ώστε ναγια να μπορούν οι προσκυνητές να φτάνουν ευκολότερα στο ιερό του Αγίου Ανδρέα.

Λειτουργία άλλαξε από τις πολλές διαλέκτους της γαελικής που μιλούσαν σε όλη τη Σκωτία στην ενοποιητική λατινική. Με την υιοθέτηση της λατινικής γλώσσας για την τέλεση της Θείας Λειτουργίας πίστευε ότι όλοι οι Σκωτσέζοι θα μπορούσαν να λατρεύουν μαζί ενωμένοι, μαζί με τους άλλους χριστιανούς της Δυτικής Ευρώπης. Πολλοί πιστεύουν ότι με αυτόν τον τρόπο, δεν ήταν μόνο στόχος της βασίλισσας Μαργαρίτας να ενώσει τους Σκωτσέζους, αλλά και τα δύο έθνη της Σκωτίας και της Αγγλίας.σε μια προσπάθεια να τερματιστεί ο αιματηρός πόλεμος μεταξύ των δύο χωρών.

Θέτοντας την ατζέντα για την εκκλησία στη Σκωτία, η βασίλισσα Μαργαρίτα εξασφάλισε επίσης την κυριαρχία της Ρωμαϊκής Εκκλησίας επί της γηγενής Κελτικής Εκκλησίας στο βόρειο τμήμα της χώρας.

Η Μαργαρίτα και ο Μάλκολμ απέκτησαν οκτώ παιδιά, όλα με αγγλικά ονόματα. Ο Αλέξανδρος και ο Δαβίδ ακολούθησαν τον πατέρα τους στο θρόνο, ενώ η κόρη τους, η Ίντιθ (που άλλαξε το όνομά της σε Ματίλντα μετά το γάμο της), έφερε την αρχαία αγγλοσαξονική και σκωτσέζικη βασιλική γραμμή αίματος στις φλέβες των Νορμανδών εισβολέων της Αγγλίας όταν παντρεύτηκε και γέννησε παιδιά στον βασιλιά Ερρίκο Α΄.

Η Μαργαρίτα ήταν πολύ ευσεβής και νοιαζόταν ιδιαίτερα για τους φτωχούς και τα ορφανά. Αυτή η ευσέβεια ήταν που προκάλεσε σημαντική βλάβη στην υγεία της με την επανειλημμένη νηστεία και αποχή. Το 1093, καθώς βρισκόταν στο νεκροκρέβατο της μετά από μακρά ασθένεια, της είπαν ότι ο σύζυγος και ο μεγαλύτερος γιος της είχαν πέσει σε ενέδρα και είχαν σκοτωθεί προδοτικά στη μάχη του Άλνγουικ στη Νορθούμπια. Πέθανε λίγο αργότερα σε ηλικία μόλις δύο ετών.σαράντα επτά.

Ενταφιάστηκε μαζί με τον Μάλκολμ στο Αββαείο του Ντανφέρμλιν και τα θαύματα που αναφέρθηκαν ότι συνέβησαν στον τάφο της και γύρω από αυτόν υποστήριξαν την αγιοποίησή της το 1250 από τον Πάπα Ιννοκέντιο Δ'.

Κατά τη διάρκεια της Μεταρρύθμισης το κεφάλι της Αγίας Μαργαρίτας πέρασε με κάποιο τρόπο στην κατοχή της Μαρίας, της βασίλισσας της Σκωτίας, και αργότερα εξασφαλίστηκε από τους Ιησουίτες στο Ντουάι, όπου πιστεύεται ότι χάθηκε κατά τη διάρκεια της Γαλλικής Επανάστασης.

Η γιορτή της Αγίας Μαργαρίτας γιορταζόταν παλαιότερα από τη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία στις 10 Ιουνίου, αλλά τώρα γιορτάζεται κάθε χρόνο στην επέτειο του θανάτου της, στις 16 Νοεμβρίου.